การประเมินความสัมพันธ์ทางพันธุกรรมและการจำแนกทุเรียนด้วยเครื่องหมายสก๊อต

Main Article Content

ทัศนีย์ สิงห์ศิลารักษ์ ธีระชัย ธนานันต์ นฤมล ธนานันต์

Abstract

บทคัดย่อ


การศึกษาความสัมพันธ์ทางพันธุกรรมของทุเรียนจำนวน 30 พันธุ์ ที่รวบรวมจากสวนบ้านเรา จังหวัดระยอง ด้วยเครื่องหมายสก๊อต ซึ่งข้อดีของเครื่องหมายนี้ คือ สะดวก รวดเร็ว ราคาถูก มีความหลากรูป และมีประสิทธิภาพสูง เมื่อคัดเลือกไพรเมอร์ 80 ชนิด พบว่าไพรเมอร์ 19 ชนิด สามารถเพิ่มปริมาณดีเอ็นเอแล้วให้ลายพิมพ์ดีเอ็นเออย่างชัดเจน จำนวนแถบดีเอ็นเอทั้งหมดที่ปรากฏรวม 277 แถบ มีขนาดประมาณ 200-2,750 คู่เบส เป็นแถบดีเอ็นเอที่ให้ความหลากรูป 219 แถบ คิดเป็น 79.06 เปอร์เซ็นต์ เมื่อสร้างแผนภูมิความสัมพันธ์จากข้อมูลแถบดีเอ็นเอและจัดกลุ่มแบบ UPGMA ด้วยโปรแกรม NTSYS-pc รุ่น 2.01e พบว่ามีค่าดัชนีความเหมือน 0.67-0.89 สามารถแบ่งทุเรียนเป็น 2 กลุ่ม แต่ไม่สอดคล้องกับการจัดกลุ่มด้วยลักษณะสัณฐานภายนอก และเมื่อวิเคราะห์แผนภูมิความสัมพันธ์ที่ได้จากเครื่องหมายสก๊อต แสดงให้เห็นถึงความใกล้ชิดทางพันธุกรรมของทุเรียนในประเทศไทย แม้ว่ามีความหลากหลายทางพันธุกรรมสูงก็ตาม 


คำสำคัญ : ทุเรียน; ความสัมพันธ์ทางพันธุกรรม; เครื่องหมายสก๊อต; แผนภูมิความสัมพันธ์; ค่าดัชนีความเหมือน


 


Abstract


Study on the genetic relationship of 30 durian cultivars/varieties collected from Suanbanrao durian garden in Rayong province was conducted using start codon targeted (SCoT) markers. The advantages included these markers were simple, fast and inexpensive, with high polymorphism and high efficiency. Selection of primers revealed that 19 out of 80 primers were able to amplify DNA, and giving clear amplified products to construct DNA fingerprints. The total of 277 amplified bands were found ranging in sizes from approximately 200 to 2750 bp. The amount of polymorphic bands were 219 bands (79.06 %). In addition, a dendogram construction based on polymorphic bands using UPGMA by the NTSYS-pc version 2.01e, showed similarity coefficient ranging from 0.67to 0.89. The durian samples were divided into 2 groups which were not consistent with the morphological grouping in Thailand. From this analysis, the dendogram using SCoT markers showed that although the durians had high genetic diversity, they were still closely related. 


Keywords: durian; genetic relationship; start codon targeted marker; SCoT; dendogram; similarity coefficient

Keywords

Downloads

Download data is not yet available.

Article Details

Section
วิทยาศาสตร์ชีวภาพ
Author Biographies

ทัศนีย์ สิงห์ศิลารักษ์

สาขาวิชาเทคโนโลยีชีวภาพ คณะวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี มหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์ ศูนย์รังสิต ตำบลคลองหนึ่ง อำเภอคลองหลวง จังหวัดปทุมธานี 12120

ธีระชัย ธนานันต์

สาขาวิชาเทคโนโลยีชีวภาพ คณะวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี มหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์ ศูนย์รังสิต ตำบลคลองหนึ่ง อำเภอคลองหลวง จังหวัดปทุมธานี 12120

นฤมล ธนานันต์

คณะวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี มหาวิทยาลัยราชภัฏวไลยอลงกรณ์ ในพระบรมราชูปถัมภ์ ตำบลคลองหนึ่ง อำเภอคลองหลวง จังหวัดปทุมธานี 13180

References

ฐิตาภรณ์ สุขโหตุ, อินทิรา จารุเพ็ง, ประไพ โมจรินทร์, อภิรดี เพิ่มผล, อรุณนี สระเก้า, ศิริวรรณ เทียนมงคล, ปิยรัษฏ์ ปริญญาพงษ์ และพรชัย จุฑามาศ, 2549, การจัดจำแนกทุเรียน (Durio zibethinus Murr.) โดยใช้เทคนิค AFLP, น. 405-410, การประชุมวิชาการทรัพยากรไทย : สรรพสิ่งล้วนพันเกี่ยว, ศูนย์อนุรักษ์พันธุกรรมพืชฯ, นครราชสีมา.
ทรงพล สมศรี, 2551, ทุเรียนไทยและการปรับปรุงพันธุ์ : กรณีศึกษาพันธุ์จันทบุรี 1 จันทบุรี 2 จันทบุรี 3, สำนักพิมพ์กรมวิชาการเกษตร, กรุงเทพฯ.
ทัศนีย์ สิงห์ศิลารักษ์, จุฑามาศ เจียมเจือจันทร์, เปรมณัช ขุนปักษี, ธีระชัย ธนานันต์ และนฤมล ธนานันต์, 2560, การประเมินความสัมพันธ์ทางพันธุกรรมและการจำแนกข้าวปลูกบางพันธุ์ด้วยเครื่องหมายสก๊อต, Thai J. Sci. Technol. 6(3): 253-261.
ธีระชัย ธนานันต์ ทีปกา มีเสงี่ยม และนฤมล ธนานันต์, 2560, การประเมินความสัมพันธ์ทางพันธุกรรมและการระบุชนิดของกล้วยไม้รองเท้านารีสกุล Paphiopedilum สกุลย่อย Brachypetalum หมู่ Brachypetalum ด้วยเครื่องหมายสก๊อต, Thai J. Sci. Technol. 6(3): 161-170.
ธีระชัย ธนานันต์, พรประภา ศิริเทพทวี, ภัทรพร คุ้มภัย และนฤมล ธนานันต์, 2560, การประเมินความสัมพันธ์ทางพันธุกรรมและการระบุชนิดของกล้วยไม้สกุลรองเท้านารีกลุ่มใบเขียวด้วยเครื่องหมายสก๊อต, Thai J. Sci. Technol. 6(3): 171-178.
นฤมล ธนานันต์, จุฑามาศ เจียมเจือจันทร์ และธีระชัย ธนานันต์, 2560, การประเมินความสัมพันธ์ทางพันธุกรรมและการระบุชนิดของกล้วยไม้สกุลก้านก่อด้วยเครื่องหมายสก๊อต, Thai J. Sci. Technol. 6(3): 153-160.
พรประภา ศิริเทพทวี, ฐิตาพร มณีเนตร, เปรมณัช ขุนปักษี, ธีระชัย ธนานันต์ และนฤมล ธนานันต์, 2560, การประเมินความสัมพันธ์ทางพันธุกรรมและการจำแนกกล้วยด้วยเครื่องหมายสก๊อต, Thai J. Sci. Technol. 6(3): 272-278.
พิชัย ใจกล้า, 2556, สัณฐานวิทยาและสัณฐานวิทยาเรณูของทุเรียนพันธุ์หลงลับแล, ว.เกษตร 29(3): 187-194.
พิชัย ใจกล้า, 2558, การติดผลและลักษณะของทุเรียนที่เกิดจากการผสมเกสรในจังหวัดอุตรดิตถ์, ว.เกษตรพระจอมเกล้า 33(2): 29-37.
พิทักษ์ ใจคง, 2550, ปฏิบัติการพืชเศรษฐกิจ (Economic Botany Laboratory) : พืชผลไม้, มหาวิทยาลัยรามคําแหง, กรุงเทพฯ. 437 น.
มนัส ดาเกลี้ยง, 2545, เอกสารทางวิชาการ เรื่อง พันธุ์ทุเรียนเมืองลับแล, สถาบันราชภัฏอุตรดิตถ์, อุตรดิตถ์, 17 น.
วริสรา แทนสง่า, ธีระชัย ธนานันต์ และนฤมล ธนานันต์, 2557, การจำแนกพันธุ์และการวิเคราะห์ความสัมพันธ์ทางพันธุกรรมของกล้วยไม้สกุลกุหลาบ (Aerides) ด้วยเทคนิคแฮตอาร์เอพีดีและไอเอสเอสอาร์, Thai J. Sci. Technol. 3(2): 102-112.
สุรีพร เกตุงาม, 2546, เครื่องหมายดีเอ็นเอในงานปรับปรุงพันธุ์พืช, ว.วิชาการมหาวิทยาลัยอุบลราชธานี. 5(2): 37-59.
สำนักคุ้มครองพันธุ์พืชแห่งชาติ, 2544, ฐานข้อมูลเชื้อพันธุ์ทุเรียน, มหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์, กรุงเทพฯ.
เอมอร รุ่งแจ้งสุวรรณ, ปิยรัษฎ์ เจริญทรัพย์, วิษุวัต สงนวล, อุษณีษ์ พิชกรรม และศศิวิมล แสวงผล, 2556, การศึกษาความหลากหลายของพันธุ์ทุเรียน (Durio zibethinus L.) ในจังหวัดนนทบุรีโดยใช้เครื่องหมายโมเลกุลเอสเอสอาร์, น. 45, การประชุมวิชาการพฤกษศาสตร์แห่งประเทศไทย ครั้งที่ 7, มหาวิทยาลัยราม คําแหง, กรุงเทพฯ.
ฮูดา แก้วศรีสม, กรกช นาคคนอง, และจรัสศรี นวลศรี, 2557, การวิเคราะห์พันธุกรรมของทุเรียนพื้นบ้านในภาคใต้โดยใช้เครื่องหมายไมโครแซทเทลไลท์, ว.แก่นเกษตร 42(พิเศษ 3): 271-276.
Ahmad, S., Sepideh, T. and Mahmood, K., 2014, Efficiency of SCoT and ISSR markers in assessment of tomato (Lycopersicum esculentum Mill.) genetic diversity, Int. J. Bio. Sci. 5: 14-22.
Collard, B.C.Y. and Mackill, D.J., 2009, Start codon targeted (SCoT) polymorphism: A simple novel DNA marker technique for generating gene-targeted markers in plants, Plant Mol. Biol. 27: 86-93.
Deng, L.B., Liang, Q.Z., He, X.H., Lou, C., Chen, H. and Qin, Z.S., 2015, Investigation and analysis of genetic diversity of diospyros germplasms using SCoT molecular markers in Guangxi, PLoS ONE 10(8): e0136510.
Doyle, J.J. and Doyle, J.L., 1987, A rapid DNA isolation procedure for small quantities of fresh leaf tissue, Phytochem. Bull. 19: 11-15.
Eric T.S. and John R.C., 2005, Simple sequence repeat (SSR) markers for genetic mapping of raspberry and blackberry, J. Am. Soc. Hortic. Sci. 130: 1-7.
Guo, D.L., Zhang, J.Y. and Liu, C.H., 2012, Genetic diversity in some grape varieties revealed by SCoT analyses, Mol. Biol. 39: 5307-5313.
Luo, C., He, X.H., Chen, H., Ou S.J. and Gao M.P., 2010, Analysis of diversity and relationships among mango cultivars using start codon targeted (SCoT) markers. Biochem Syst. Ecol. 38: 1176-1184.
Paliwal, R., Singh, R., Singh, A.M., Kumar, S., Kumar, A. and Singh, R.M., 2013, Molecular characterization of Giloe (Tinospora cordifolia (Willd. Miers ex Hook. F. and Thoms.) accessions using start codon targeted (SCoT) markers, Int. J. Med. Arom. Plants 3: 413-422.
Rohlf, F.J., 2002, NTSYS-pc. Numerical taxonomy and multivariate analysis system. Applied Biostatistics, Inc., New York.
Sambrook, J., Fritsch, E.F. and Maniatis, T., 1989, Molecular Cloning: A Laboratory Manual, 2nd Ed., Cold Spring Harbor Laboratory Press, New York.
Satya, P., Karan, M., Jana, S., Mitra, A., Sharma, A., Karmakar, P.G. and Ray, D.P., 2015, Start codon targeted (SCoT) polymorphism reveals genetic diversity in wild and domesticated populations of ramie (Boehmeria nivea L. Gaudich.), a premium textile fiber producing species, Meta Gene 3: 62-70.
Tankslay, S.D., Young, N.D., Paterson, A.H. and Bonierbale, M.W., 1989, RFLP mapping in plant breeding: New tools for an old science, Biotechnology 7: 257-264.
Wu, J. M., Li, Y.R., Yang, L.T., Fang, F.X., Song H.Z., Tang, H.Q., Wang, M. and Weng, M.L., 2013, cDNA-SCoT: A novel rapid method for analysis of gene differential expression in sugarcane and other plants, Aust. J. Crop Sci. 7: 659-664.
Zebrowska, J.I. and Tyrka, M., 2003, The use of RAPD markers for strawberry identification and genetic diversity studies, J. Food Agric. Environ. 1: 115-117.